小智一行人前往天冠山的路上碰到了这个世界的【竹兰】，单从外貌来看，两个人气质很像，但开口却是截然相反的性格。小智和小光都觉得惊奇，【小光】曾和【竹兰】进行过对战，因此对她的性格颇为习惯，反而是之前见到竹兰时小小的惊讶了一下。对此竹兰适应良好，并认为自己可以向这位平行世界的自己学习一二。
因为宝可梦受到时空错乱的而退化的影响，原先准备举办“洗翠庆典”的水脉市气氛异常低迷，当地市长和道馆主为了庆典可以顺利举行而向正在钢铁岛调查的【竹兰】寻求援助。小智他们穿过时空洞前所在的地方也正好是水脉市，因此他们打算坐船前往祝庆市的时候，正好遇到了从船上下来的【竹兰】。
“这是真的吗？我万分好奇，我们一起去怎么样！不错，我觉得这个主意好极了！”【竹兰】询问了前因后果，自作主张地决定了一同行动，自然她发给水脉市市长和道馆主的信息只有一句——去解决问题根源。
严酷山，由冥王带领的银河队，在从国际监狱出逃的伙星、岁星、镇星三人的帮助下，成功捕捉了生活在这里的席多蓝恩，他们希望借助席多蓝恩和火球石板的力量来打开时空之门，去寻找当年踏入时空双神开启的时空之门后失去踪影的赤日。当然，冥王究竟是真的想寻找赤日还是其他原因就不得而知了。
由【竹兰】这位对天冠山相当熟悉的向导带队，几人很快就来到了天冠山的山脚，而另一边，利用席多蓝恩力量的银河队成功打开了时空之门，但大门的另一头却是平行世界，也就是【竹兰】他们所在的世界。更凑巧的是，当他们踏出大门的时候，碰巧撞上了【火箭队】，互相看不顺眼的两伙人就在天冠山另一侧的山脚展开了激战。
沉睡于未知空间中的神兽睁开了他的双眼，他唤来沉眠在湖底的三只神兽对他们进行叮嘱，目送着他们的离去，他四肢落地，朝着其中一个时空的虫洞飞去。
阿尔宙斯四肢缓缓落到草地上，抬头目视着前方向自己奔跑而来的几人。上次见到他们还是二十年前的事情了，当初的小娃娃都长得那么大了，也变得相当出色。阿尔宙斯莫名生出一股吾家儿女初长成的自豪感。
一接到联络的消息就赶来的几人，望着阿尔宙斯莫名慈祥的目光，互相交换了一个眼神，脑海中都是一个想法——创世神是不是睡傻了。
『希嘉娜』被那慈祥地目光盯着打了个冷颤，忍不住开口道：“你让裂空座他们联系我们是有什么事情吗？创世神大人。”
阿尔宙斯这才想起自己的目的，咳嗽两声试图装出威严感：“生活于平行世界的由克希、艾姆利多和亚克诺姆向我发来求助，我希望你们可以去帮助他们解决足以让那个世界毁灭的时空危机。”
『希嘉娜』、『亚玄』、『达克多』点头，随即换上一副写满了“然后呢”的面孔。阿尔宙斯一愣，这才将【小智】那个时空发生的事情缓缓道来。
三人听完后点点头，谁都没有说话，既没有拒绝也没有答应。阿尔宙斯有些头疼，明明这几个小萝卜以前不是这般的，不过沉睡了二十年，这个世界究竟发生了什么，不过一想到另外三个，突然又觉得这三个小家伙太善良了。
三人不知道阿尔宙斯在想些什么，他们不说话只是在理清阿尔宙斯刚刚故事里提到的事情，还有一个从未在这个世界诞生过的男孩的事情。最后，最年长的『达克多』拍案，他们三人接下了这个任务，但做为交换条件，他们希望见一见那个世界的小智。
“还有一件事。”『希嘉娜』喊住了准备离去的阿尔宙斯，“米可利之前传来消息，他们琉璃岛突然从天而降了一个来自异世界的人类，名为小豪。因为担心是人类那里派来的卧底，所以先关押起来了，之后该怎么处理。”
阿尔宙斯低头看了她一眼：“他不是已经有自己的决定了吗，何必再多问一嘴。按他的想法来就是了。”
『希嘉娜』点头。阿尔宙斯也不久留，交代完事情又钻回了他沉睡的空间。
天冠山脚的宝可梦中心。
【小刚】刚刚给受到不明磁场影响而变得狂躁的宝可梦做完治疗，抬头就见到了走进来的小智一行人：“竹兰小姐，还有小光？”
和小智他们那个世界一样，这个世界的【小刚】也是一名宝可梦医生，不同的是这个世界的【小刚】似乎非常的稳重，看到漂亮的大姐姐并不会和小刚一样凑上去搭讪。因为【小光】对于天冠山的排斥心理，还有盘踞在山路上的狂躁宝可梦，再加上天色已晚，几人决定先在宝可梦中心留宿一晚再上山。
用过晚餐，一行人聚集在了【小光】的房间里，【小刚】也过来插上一脚。在场所有人都很善解人意的没有逼问【小光】，而是等待着【小光】自己开口，即便是实在不想说也没有询问的意思。最后，【小光】深吸一口气，将三年前的故事娓娓道来。
【小光】故事中的主角是这个世界的【小智】，而这位主角在解决掉尾随的火箭队以后，坐上了快龙后背赶往了天冠山。此时的天冠山，因为银河队在穿越时空之门达到平行世界之前的实验，变得一团糟。火山爆发，宝可梦狂躁，甚至还有因为平行世界的影响而导致宝可梦遗忘技能等等，乔伊小姐根本忙不过来。小刚及其同行的其他医生就是在这个时候被派来支援的，连同保育家一起到达了天冠山山脚。
【小智】刚刚踏入宝可梦中心，迎面撞上刚刚给一只受伤的宝可梦做完手术的小刚，小刚此时正在和那只宝可梦的训练家叮嘱手术后的相关照顾。【小智】看了他一眼，确定这里不是自己那个世界的小刚以后，把精灵球和皮卡丘交给了乔伊小姐，自己坐在一旁等待治疗结束。
因为一系列因素，天冠山此时已经被封锁，保育家的精英队深入天冠山进行调查。
“你是来自其他世界的小智吧。”小刚将一杯水递到了【小智】面前。
【小智】疑惑地看了他一眼，接过那杯水但没有喝，反问：“为什么这么认为？”
小刚笑笑，没有多言，毕竟从他进门的第一眼，小刚就认出了他不是小智，刚刚那么混乱，如果是小智本人怎么可能不提出帮忙，而是自顾自坐在一旁。
【小智】从他的表情里看出来了，他背对着小刚从乔伊小姐那里抱过了皮卡丘，接过了精灵球，这才用带着嘲笑的语气开口：“他还挺喜欢多管闲事的。”
【小智】没有久留，凭借着这个世界的自己的身份，轻松地穿过封锁，进入了天冠山。
另一边，『希嘉娜』去『米可利』那里领走了被抹除记忆又被打晕的小豪，和『亚玄』与『达克多』穿过帝牙卢卡和帕路奇犽搭建的时空之门，前往阿尔宙斯口中的那个平行世界的天冠山。
小智几人也在【小光】下定决心后讲述的故事中了解到了这个世界发生的事情，为了避免同样的结局，他们也前往了天冠山。
【小智】拒绝了保育家的随行，独自一人踏上了天冠山的山顶，殊不知回到自己世界的大门早早就在山顶开启，那既是回家的路，也是通向死亡的路。
天冠山，时空错乱的开端，此时此刻聚集了来自三个时空的人，他们有的是造成时空异变的凶手，有的也是前来阻止时空异变的勇士。
被【火箭队】控制的【帝牙卢卡】和【帕路奇犽】，为了唤醒时空双神的【湖之三神】，用于开起时空之门的席多蓝恩，以及位于未知空间看着他们的阿尔宙斯，蛰伏于暗处的骑拉帝纳。
一场围绕着“神奥传说”战争，在三方人员聚集的那一刻，打响了。